Фамилия Кушуков отчетливо делится на корень Кушук- и фамильный суффикс -ов, указывающий на принадлежность к роду. В центре внимания — прозвище или личное имя Кушук, которое и стало основой. Само слово «кушук» в тюркских языках, особенно в карачаево-балкарском, кумыкском и ногайском, означает «птица» или «птенец». В переносном смысле так могли назвать легкого, быстрого, подвижного человека или, наоборот, маленького и юркого. Встречается и значение «щенок» — в этом случае прозвище могло быть шутливым или ласкательным, как и во многих русских фамилиях, образованных от названий детенышей животных.

География фамилии подсказывает ее происхождение. Кушуковы — нередкая фамилия в Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии, а также среди кавказских народов, переселившихся в другие регионы. Это указывает на то, что основатель рода, скорее всего, был тюркоязычным горцем, а сама фамилия сформировалась по русской модели — с помощью суффикса -ов — при оформлении документов в XIX — начале XX века, когда горцам массово присваивали фамилии на русский манер.

Менее вероятна, но возможна связь с адыгским (черкесским) словом «кушхъуэ» или близкими формами, означающими «счастливый» или «удачливый». В таком случае корень изменился под влиянием тюркского произношения. Однако основной и наиболее обоснованной версией остается тюркское «птица», поскольку она проще объясняется и подтверждается массовостью фамилии именно в тюркоязычной среде.

Интересно, что фамилия Кушуков не имеет однозначных параллелей в центральной России. Она почти не встречается в старых русских переписных книгах, что подтверждает ее позднее, «кавказское» происхождение. В отличие от фамилий, образованных от русских прозвищ (Кушнерев, Кушаков), Кушуков — пример того, как иноязычное имя легло в основу фамилии по общероссийскому шаблону. Таким образом, предки современных Кушуковых — это люди, получившие прозвище Кушук за легкость, подвижность или малый рост, а их потомки стали носителями фамилии, закрепившей эту черту в родовом имени.