Фамилия Кускунаков — редкий случай, когда основа ясна почти сразу, но география и сословный контекст заставляют задуматься. В ней отчетливо слышится тюркский корень «кускун» (qusqun) — «выдра». В тюркских языках, особенно в сибирских (татарском, башкирском, казахском), это слово обозначает хищного пушного зверя, живущего у воды. Прозвище Кускун мог получить либо ловкий охотник на выдр, либо человек, которого сравнивали с этим зверем за ловкость, скользкость или умение выходить сухим из воды.

Суффикс -аков — типичный для русской адаптации тюркских фамилий. Если бы фамилия осталась в исконной форме, она звучала бы как Кускунов (от Кускун + -ов). Но удлинённая форма Кускунаков указывает на то, что в основе лежало имя или прозвище Кускунак — то есть «маленькая выдра» или «выдрёнок» (уменьшительный аффикс -ак/-ек в тюркских языках). Так могли называть младшего сына охотника или просто человека невысокого роста, но с тем же «звериным» характером.

Географически фамилия тяготеет к югу Урала и Западной Сибири — регионам, где русские фамилии на -аков часто возникали у крещёных татар, башкир и мишарей. В документах XIX века Кускунаковы встречаются среди государственных крестьян и казаков Оренбургской губернии. Сословно это были не дворяне, а податное население, хотя отдельные ветви могли выбиваться в купцы или мелкие чиновники.

Спорных версий немного. Иногда корень путают с «кускун» — диалектным названием куска или обрубка (от «кусок»), но это натяжка: для русского прозвища естественнее было бы Кусков или Кусковский, а не Кускунаков. Тюркская этимология надёжнее и подтверждается ареалом бытования.

В современной России фамилия остаётся редкой. Её носители — потомки тех, кто четыре-пять поколений назад носил прозвище Кускунак и жил на границе степи и леса, где выдра была и промысловым зверем, и частью местного фольклора.