Фамилия Кустарник — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу фамилии, не нуждается в сложной расшифровке. Она образована напрямую от нарицательного слова «кустарник» — низкорослое растение. Казалось бы, всё очевидно, но за этой простотой скрывается несколько возможных путей возникновения, и выбор между ними зависит от того, в какой среде и когда фамилия закрепилась.

Самая прямая версия — прозвище Кустарник могли дать человеку, жившему в густых зарослях, в глухой лесной чаще, вдали от больших дорог и селений. В этом смысле прозвище носило топографический характер: оно указывало на место жительства или род занятий, связанный с вырубкой кустарника, сбором ягод или охотой. Однако в русской ономастике фамилии, образованные от названий растений, часто имели иной оттенок — не столько бытовой, сколько ироничный. Кустарником в народе могли прозвать невысокого, коренастого человека, либо, напротив, того, кто «кустится» — обрастает семьёй, роднёй, хозяйством. В таком случае прозвище отражало внешность или характер, а не только место жительства.

Фамилия образована по продуктивной, но не самой распространённой модели — без суффикса, путём чистого перехода прозвища в фамилию. Это так называемые «фамилии-существительные», которые в русской среде встречаются реже, чем патронимы на -ов/-ев или -ин. В отличие от Кустарникова или Кустарничкина, форма Кустарник не прибавляет суффикса принадлежности, что может указывать на её относительно позднее закрепление — в XVII–XVIII веках, когда фамилии в непривилегированных слоях населения нередко фиксировались именно в исходной форме. Такая модель типична для украинской и белорусской традиции, поэтому южное или западное происхождение фамилии Кустарник вполне вероятно.

В словарях фамилия не упоминается у Унбегауна или Никонова, что говорит о её локальном бытовании. Она могла возникнуть независимо в разных регионах — от Полесья до Сибири, куда переселенцы приносили прозвища с собой. В XIX веке носители фамилии Кустарник фиксируются в основном среди крестьян и мещан, что подтверждает её «народный» характер. Встречаются варианты написания с одной «н» (Кустарик) или с ударением на последний слог, но нормативной остаётся форма с суффиксом -ник.

Среди однокоренных фамилий — Кустов, Кустарёв, Кустарников. Кустарник стоит особняком: в ней нет отчества-притяжательности, она звучит как застывшее прозвище, которое так и не обросло типичными фамильными окончаниями. Это делает её более редкой и выразительной — она не «чей-то», а «сам по себе», как и её возможный носитель.