Фамилия Кустарников — одна из тех, что звучат как загадка, но на самом деле имеет довольно прозрачную и даже неожиданную основу. Вопреки первому впечатлению, её корень — не «куст» в ботаническом смысле, а прозвище, которое давали человеку, ведущему бродячий образ жизни. Слово «кустарь» в старых русских говорах имело уничижительный оттенок: так называли не ремесленника, а того, кто «кустарится», то есть скитается без определённого дела, прячется по кустам. Отсюда же и «кустарник» — синоним бездомного, бесприютного человека.

Фамилия образована по самой распространённой модели: основа «Кустарник» плюс суффикс принадлежности -ов. Это типичная патронимическая форма, отвечающая на вопрос «чей?» — то есть сын Кустарника, потомок того, кого прозвали за неоседлый нрав. Интересно, что суффикс -ов здесь указывает на мужскую линию, а сама фамилия закрепилась в тех регионах, где диалектное слово «кустарь» было в ходу — преимущественно в центральных и южнорусских губерниях.

Стоит различать Кустарникова от однокоренных фамилий вроде Кустова или Кустикова. Последние прямо связаны с растением или с именем Куст (редкая форма от Константина), а Кустарников — это всегда отсылка к прозвищу, социальной характеристике, а не к природе. В словарях русских фамилий, в частности у Б. Унбегауна, такие случаи описываются как «прозвища по поведению»: они фиксировали не профессию, а образ жизни или черту характера.

Встречаемость фамилии невысокая, что логично: прозвище было нелестным, и закрепилось оно в фамилии скорее у тех семей, где это слово перестали воспринимать как оскорбление. Со временем, когда бродяжничество ушло в прошлое, фамилия потеряла свой обидный подтекст и стала просто родовым именем. Никаких известных исторических деятелей с этой фамилией не зафиксировано — это фамилия простых людей, крестьян и мещан, которые носили её как память о предке, чьё прозвище со временем забылось.