Фамилия Кусторкин — яркий пример того, как в русском прозвище могло закрепиться ремесло, но не напрямую, а через ироничное переосмысление. Её основа — не «куст» и не «кусторез», а диалектное слово «кусторка». В говорах Поволжья и некоторых центральных областей так называли кустарную, домашнюю работу, особенно ручное ткачество или плетение. Соответственно, «кусторка» — это женщина, которая занималась таким промыслом на дому, а «кусторкин» — буквально «чей-то сын, человек из семьи кусторки».

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Кусторкин — сын Кусторки. Модель образования типична для фамилий, произошедших от прозвищ или профессий матери (так называемые матронимы, которые в русской традиции встречаются реже отчеств по отцу, но вполне обычны). В данном случае прозвище Кусторка могла получить женщина, кормившая семью кустарным ремеслом, или же это было насмешливое прозвище за неумение делать что-то «по-фабричному», по-городскому.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с личным именем Кустор. Это сокращённая форма от редкого канонического имени Кустодий (от лат. custos — «страж, хранитель»). Однако в народной среде такое имя почти не встречалось, и прозвище от ремесла выглядит гораздо убедительнее. Географически фамилия Кусторкин тяготеет к зоне бывших кустарных промыслов Нижегородской, Костромской и Владимирской губерний, где домашнее ткачество было массовым занятием.

Интересно, что фамилия сохранила ударение на втором слоге — Кусто́ркин, что характерно для слов с суффиксом «-орк-» (ср. «мото́рка», «конто́рка»). Это отличает её от гипотетического варианта «Ку́сторкин», который звучал бы как производное от «куст». Таким образом, Кусторкин — не «кустовой», а именно «ремесленный», «домашний» человек, чей предок был связан с кустарным промыслом, скорее всего ткацким или плетёным.