Основой фамилии Кусторов послужило церковное имя Кастор. Фамилия Кусторов, вероятно, представляет собой фонетический вариант фамилии Касторов, которая в свою очередь ведет начало от крестильного мужского имени Кастор. В переводе с греческого имя Кастор означает «блистающий», а с латыни – «бобёр». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Кастор, со временем получил фамилию Кусторов.