Фамилия Кусторкина — женская форма фамилии Кусторкин, и её происхождение стоит искать не в «кустах» или «кустарнике», как может показаться на первый взгляд. Основа здесь сложнее и интереснее. Скорее всего, в её основе лежит прозвище Кусторка или диалектное слово, которое вышло из обихода.

Самая вероятная версия связывает фамилию с ремеслом. В русских говорах, особенно северных и центральных, «кусторь» или «кустарь» означало мастера-надомника, человека, который работал дома, а не на фабрике. Суффикс -к- в прозвище Кусторка мог указывать на конкретного человека: «тот самый кустарь», или же быть уменьшительно-ироничным. Таким образом, родоначальник Кусторкиных мог быть ремесленником — сапожником, ткачом, бондарем, работавшим самостоятельно. Модель образования типична: прозвище на -ка дало фамилию с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность («чей?» — «сын Кусторки»).

Менее распространённая, но допустимая гипотеза — происхождение от неканонического имени Кусторка, которое могло быть образовано от глагола «кусторить» (в некоторых говорах — хлопотать, суетиться, делать что-то быстро и не всегда качественно). В этом случае прозвище носило бы характер оценки характера или манеры поведения.

Географически фамилия Кусторкин встречается не повсеместно, а тяготеет к регионам бывшего Владимирского и Нижегородского княжеств, где кустарные промыслы были особенно развиты. В отличие от фамилий на -ский, которые часто указывали на дворянское происхождение или географическое название, Кусторкин — типичная «ремесленная» фамилия, закрепившаяся в крестьянской и мещанской среде. В дореволюционных переписях носители этой фамилии чаще всего значились как «экономические крестьяне» или «мастеровые».

Интересно, что фамилия Кусторкина не имеет отношения к знаменитому слову «кустарник» — это народное, живое прозвище, которое закрепилось за предками именно по их занятию, а не по месту жительства среди зарослей.