Фамилия Кустышев образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Кустышев восходит к прозвищу Кустыш. Оно образовано от нарицательного «куст». Кустами, Кустарями, Кустышами в московских и владимирских говорах называли мелких фабричных промышленников, ткачей, работающих дома, а также барышников. Поэтому, прозвище Кустыш, вероятно, является «профессиональным» именованием и содержит указание на род деятельности человека. Также существует глагол «куститься» - «разрастаться, пускать из одного зерна много стеблей». Можно предположить, что прозвище Кустыш образовано от этого глагола. В таком случае, так могли именовать, к примеру, многодетного родителя. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Кустыш, со временем получил фамилию Кустышев. О точном месте и времени возникновения фамилии Кустышев в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Кустышев представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.