Фамилия Куташенко образована по распространённой украинской модели с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках закрепился в Поднепровье и на Левобережье. Первоначально такие фамилии означали «сын» или «потомок» человека, названного в основе: Куташ — сын Куташенко. Суффикс -енко встречается в основном у потомков казаков и мещан, реже — у крестьян, что указывает на возможную принадлежность предков к казачьему сословию или ремесленному кругу.

Основа фамилии — прозвище Куташ. Здесь возможны два объяснения, и оба связаны с бытовой лексикой. Первое: от глагола «кутать» (укрывать, заворачивать) или существительного «кутас» — кисть, подвеска, бахрома. В говорах куташом называли пучок ниток или шерсти, а также человека, который носит неопрятную, сбившуюся одежду, «кутается». Второе, менее вероятное: от тюркского «куташ» — счастливый, удачливый, но для украинской среды такое заимствование нетипично, и бытовая версия выглядит правдоподобнее.

Географически фамилия привязана к современным Сумской, Полтавской и Черниговской областям, а также к югу России, куда переселялись украинские казаки. В документах XIX века Куташенко встречаются среди государственных крестьян и однодворцев, что подтверждает их непривилегированное происхождение. Редкая особенность фамилии — сохранение ударения на втором слоге (Кута́шенко), что типично для восточноукраинских говоров, тогда как в западноукраинских вариантах ударение часто смещается на -енко.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Кутасов, Кутаев, Куташов) показывает, что прозвище Куташ было довольно распространено в разных регионах, но именно форма с -енко закрепилась в украинской антропонимии. Таким образом, Куташенко — фамилия, которая прямо говорит о предке, получившем прозвище за манеру одеваться или за внешний вид, и несёт чёткую региональную метку.