Фамилия Кутермин ведет начало от прозвища или мирского имени Кутерма. Слово «кутерма» имеет тюркские корни и в татарском языке означает «суета, сумятица, хлопоты, суматоха; беспорядок; крик, брань, ссора». Прозвище Кутерма мог получить человек хлопотливый, суетливый или, наоборот, взбалмошный, склонный к ссорам. В русских говорах у этого слова есть и другое значение — «непогодь, вьюга, метель». В таком случае имя Кутерма могли дать ребенку, родившемуся в ненастье, — подобные «погодные» имена в прошлом не были редкостью.

Фамилия образована по типичной русской модели с патронимическим суффиксом -ин: Кутермин означает «сын Кутермы». Суффикс -ин присоединяется к основам на -а/-я, что указывает на древность фамилии: в XIV–XVI веках так образовывали фамилии от прозвищ и мирских имён с конечным гласным.

Слово «кутерма» активно бытовало в северных и центральных губерниях России, особенно в вятских и пермских говорах, где его фиксировали диалектные словари. Это позволяет предположить, что фамилия Кутермин чаще всего встречалась именно в этих регионах — среди крестьянского и посадского населения, где мирские имена сохранялись дольше, чем в дворянской среде.

В ономастике фамилию Кутермин нередко сравнивают с однокоренными Кутергин, Кутернин, Кутепов — все они образованы от прозвищ, содержащих корень кут- со значением «суетиться, хлопотать» или «угол, закут». Однако у Кутермина более прозрачная тюркская основа, что выделяет её на фоне чисто славянских аналогов.