Фамилия Кутернина — женская форма, но в её основе лежит мужское прозвище Кутерня, от которого пошла и фамилия Кутернин. Корень здесь «кутерь-», который в русских говорах означает суету, беспорядок, неразбериху. Сравните: «кутерьма», «кутермиться» — суетиться, толочься без толку. Прозвище Кутерня могли дать человеку непоседливому, суматошному, тому, кто постоянно в движении и создаёт вокруг себя шум. В некоторых областях «кутерня» означала ещё и копошащуюся толпу, так что прозвище могло закрепиться за заводилой или хлопотливым хозяином.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Кутернин буквально — «сын Кутерни», «из семьи Кутерни». Такая модель типична для северных и центральных русских земель, где прозвища на -а, -я давали суффикс -ин, а не -ов. Фамилия редкая, не попала в массовые боярские и дворянские списки, а бытовала в крестьянской и мещанской среде. Встречается она в основном в Поволжье — в записях по Нижегородской и Костромской губерниям, что подтверждает её «низовое» происхождение: прозвище могли дать на постоялом дворе, ярмарке или в ремесленной артели.

Есть и менее вероятная версия — от диалектного «кутерь» (вид рыбы или мелкое насекомое), но она не подкреплена географией: фамилия не зафиксирована в рыболовецких регионах. Куда надёжнее связывать Кутерниных с человеком, которого в деревне прозвали за характер — живым, беспокойным, вечно что-то затевающим.