Фамилия Кутнеев — редкий пример, где основа неочевидна, а суффикс -еев указывает на происхождение от прозвища или имени с основой на -ей. Скорее всего, в основе лежит прозвище Кутней. Что оно могло означать? Первая и самая вероятная версия связана с диалектным глаголом «кутнать» — так в ряде говоров (владимирских, ярославских) называли хныкать, плакать, капризничать. Соответственно, Кутнеем могли прозвать плаксивого, обидчивого или нудного человека. Вторая версия отсылает к слову «кут» — угол в избе или крестьянское жилье. В этом случае Кутней — тот, кто живет в куту, захолустный житель, либо, наоборот, хозяин угла, домосед. Третья, менее распространенная гипотеза — связь с тюркскими корнями, где «кут» означает счастье, благодать, а «ней» могло быть аффиксом, но такая этимология для фамилии с русским суффиксом -еев выглядит натянутой.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Кутней добавили притяжательный суффикс -ев, то есть «сын Кутнея». Форма с -еев, а не -ов, характерна для основ, оканчивающихся на -ей, -ай, -яй. Фамилия редкая, в дореволюционных справочниках почти не встречается, что говорит о её позднем закреплении или локальном бытовании. Географически можно предположить, что носители фамилии происходят из северных или центральных губерний России, где был распространен глагол «кутнать». Сейчас фамилия встречается рассеянно, без ярко выраженного ареала.

Социальный контекст прост: предок Кутнеевых был, скорее всего, крестьянином или посадским человеком, получившим уличное прозвище. Фамилия недворянская, в родословных книгах не фиксируется. Если искать однокоренные аналоги, то можно вспомнить фамилию Кутенев — она могла возникнуть независимо от другого прозвища (например, от «кутень» — маленький уголок или детеныш животного в диалектах), но Кутнеев стоит особняком именно из-за ударения и суффикса.