Фамилия Кутновская — женская форма фамилии Кутновский. Её основа, скорее всего, связана с польским городом Кутно в Лодзинском воеводстве. В пользу этого говорит типичный для польской и западнорусской традиции суффикс -овск-/-евск-, который часто указывает на географическое происхождение: Кутновский буквально означает «тот, кто из Кутно». Сам топоним Кутно, по одной из версий, восходит к древнерусскому слову «кут» — угол, мыс или вершина залива. Если это так, основатель рода был выходцем из этого населённого пункта.

Есть и вторая версия, менее географическая и более редкая. Согласно ей, фамилия образована напрямую от прозвища Кутной. В русских говорах «кутня» — особый вид ловушки на хищных птиц, ястребов и соколов. В этом случае прозвище относилось к «профессиональным» именованиям: предок Кутновских мог быть охотником, который знал толк в установке таких силков.

Обе гипотезы имеют право на существование. Версия с городом Кутно выглядит предпочтительнее из-за распространённости именно такой модели фамилий на -ский, особенно в западных губерниях Российской империи и на землях бывшей Речи Посполитой. Фамилия Кутновская встречается нечасто, что также говорит в пользу её узкой локальной привязки.