Фамилия Кутушева хранит память о прозвище или имени дальнего предка, и в этом её главная ценность для потомков. Большинство исследователей сходятся на том, что в основе фамилии лежит башкирское мужское имя Кутуш. Оно составное: первая часть восходит к слову «кутлу» — «счастливый», вторая — к «иш» — «друг, товарищ». Целиком имя Кутуш можно перевести как «счастливый друг».

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Кутуш- добавили притяжательный суффикс -ев, который указывал на принадлежность («чей?» — Кутушев). Первоначально так называли сына, внука или иного потомка человека по имени Кутуш. Со временем форма закрепилась в качестве родового имени и стала передаваться по наследству, в том числе и в женском варианте — Кутушева.

Поскольку имя имеет тюркские корни, фамилия Кутушева чаще всего встречается в регионах с исторически сильным башкирским и татарским влиянием — в Башкортостане, Татарстане, а также в соседних областях Урала и Поволжья. Встречается она и среди других народов, исповедующих ислам, где имя Кутуш могло бытовать в схожих формах.

Важно не путать эту фамилию с более известной дворянской фамилией Кутузовых. Несмотря на внешнее сходство корня (оба восходят к тюркскому «кут» — счастье, удача), их словообразовательная модель разная: у Кутузовых суффикс -ов, а основа, вероятно, связана с тюркским словом «кутуз» — «бешеный, задорный». Фамилия же Кутушева прямо указывает на имя Кутуш, и её носители, скорее всего, происходят из башкирской или татарской среды, а не из русского дворянства.