Фамилия Кутылин — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием -ин может скрываться неочевидная основа. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Кутылин, то есть сын или потомок Кутылы. Вопрос в том, что или кто такой Кутыла.

Самая вероятная версия отсылает к диалектному глаголу «кутылять» — хромать, припадать на одну ногу, идти вразвалку. В псковских и тверских говорах «кутыля» — это хромой человек. Прозвище Кутыла, таким образом, мог получить человек с характерной походкой. Модель образования типична для северных и центральных русских земель: прозвище на -ыла (сравните: Заика, Плакса, Кривляка) давалось по заметной внешней или поведенческой черте. Фамилия Кутылин, скорее всего, закрепилась именно в тех регионах, где слово «кутылять» было в ходу.

Есть и вторая, более редкая версия, связанная с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках «кутыл» означает «спасение», «избавление». В таком случае фамилия могла возникнуть в среде крещёных татар или других тюркских народов, но эта гипотеза менее убедительна: суффикс -ин в русских фамилиях чаще образуется от прозвищ, а не от абстрактных понятий, к тому же фамилия Кутылин не фиксируется как массово распространённая в Поволжье.

Интересно, что фамилия Кутылин встречается заметно реже, чем её однокоренные варианты Кутырев, Кутырёв или Кутылов. Это говорит о том, что прозвище Кутыла было локальным, не повсеместным. Сословной привязки у фамилии нет — Кутылины могли быть и крестьянами, и мещанами, и казаками, всё зависело от конкретной губернии. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия чаще всего попадается в Вятской и Пермской губерниях, что косвенно подтверждает севернорусское происхождение.