Фамилия Куженко — характерный пример украинской модели фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -енко. В украинской ономастике этот суффикс, означающий «сын» или «потомок», был настолько массовым в XVII–XVIII веках, что охватил все сословия, от казаков до крестьян, и стал визитной карточкой фамилий левобережной Украины. Поэтому Куженко — это буквально «сын Кужа» или «потомок того, кого звали Куж».

Основа фамилии — прозвище Куж. Его значение неочевидно, и здесь возможны две версии. Первая, более простая: «куж» — диалектное или устаревшее слово, родственное «куж» в значении «корзина, плетенка», или же вариант слова «куж» как «кувшин, крынка». В таком случае прозвище могли дать мастеру-корзинщику, гончару или человеку с характерной внешностью, напоминавшей этот предмет. Вторая версия связывает прозвище с тюркскими корнями: в тюркских языках «куж» (или «куш») может означать «птица» или «сокол». Эта версия правдоподобна, учитывая длительное соседство украинских земель с тюркскими народами и частые заимствования прозвищ от них. В таком случае Куж — это метафорическое прозвище быстрого, зоркого или свободного человека.

Что отличает фамилию Куженко от многих других на -енко, так это её относительная редкость и отсутствие очевидной связи с распространённым церковным именем. В отличие от фамилий типа Иващенко или Петренко, здесь основа — не каноническое имя, а именно прозвище или мирское имя. Это делает фамилию более «тёмной» для этимолога, но и более интересной: её носитель с большой вероятностью ведет род не от крестьянина с типовым именем, а от человека с яркой характеристикой, которая закрепилась за его потомками в виде фамилии.

Географически фамилия Куженко наиболее характерна для центральных и восточных областей Украины, особенно для Полтавщины и Черкащины — регионов, где в XVIII–XIX веках активно формировались фамилии на -енко. Встречается она и в России, куда могла попасть с миграционными потоками из Малороссии. Сословно предки Куженко, скорее всего, были казаками или государственными крестьянами: в этих средах украинский суффикс -енко был основным способом создания фамилий, в отличие от шляхты, предпочитавшей фамилии на -ский/-цкий.