Фамилия Кужнаева — женская форма фамилии Кужнаев, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Кужнай. Чтобы понять её смысл, нужно разобрать корень. Основа «куж-» в русских говорах и соседних тюркских языках имеет несколько значений, но самое вероятное связано с тюркским словом «куж» — «пара», «ровня», «дружка». В ряде диалектов «кужой» называли свата или товарища, с которым вместе идут в сваты. То есть Кужнай — это, скорее всего, человек, который выполнял роль свата или дружки на свадьбе, либо получил такое прозвище за общительный, «парный» характер.

Менее вероятная, но возможная версия отсылает к коми-пермяцкому или удмуртскому «куж» — «сила», «мощь». Тогда Кужнай — сильный, крепкий человек. Однако для фамилий, оканчивающихся на «-аев», типична тюркская основа, поэтому версия со свадебным чином выглядит убедительнее.

Суффикс «-аев» указывает на патронимическую модель: Кужнаев — сын Кужная. Такая форма характерна для фамилий, возникших в среде тюркских народов (татары, башкиры, чуваши) и проникших в русскую ономастику через межэтнические контакты. География фамилии сегодня размыта, но её корни, скорее всего, ведут в Поволжье или на Урал, где веками соседствовали славянские и тюркские говоры.

В отличие от фамилий с прозрачным ремесленным значением (Кузнецов, Плотников), Кужнаева хранит память о социальной роли или обычае, а не о профессии. Это редкий случай, когда фамилия могла закрепиться за человеком не по роду занятий, а по разовому, но заметному действию — сватовству.