Фамилия Лабукин образована от прозвища или нецерковного имени Лабука. В русском языке суффикс -ин указывает на принадлежность: Лабукин — «сын Лабуки» или «человек из семьи Лабуки». Основа фамилии неочевидна, и здесь есть две основные версии происхождения, причем одна из них существенно правдоподобнее другой.

Первая и наиболее вероятная версия связывает прозвище Лабука с диалектным словом «лабуда» или «лабутье». В южнорусских и украинских говорах «лабуда» — это нечто несерьезное, вздор, пустяк, а также плохая, нестоящая работа или ерунда. Человека могли прозвать Лабукой за легкомысленный характер, за манеру говорить не по делу или за склонность к пустым занятиям. Менее вероятно, что прозвище относилось к роду занятий: в некоторых областях «лабудить» означало делать что-то кое-как, халтурить. Так могли назвать плохого ремесленника или работника.

Вторая версия, гораздо более редкая и спорная, выводит Лабуку из тюркских языков, где корень «лаб» или «лап» мог означать «слабый» или «неумелый». Однако для фамилии, бытующей преимущественно в среде русского и украинского крестьянства, славянская диалектная основа выглядит естественнее. Географически фамилия Лабукин встречается в основном в центральных и южных регионах России, а также в Восточной Украине, что совпадает с ареалом распространения слова «лабуда».

Модель образования фамилии — типично русская, с суффиксом -ин, который в древности присоединялся к основам на -а. Это указывает на то, что прозвище Лабука бытовало в форме существительного мужского рода первого склонения (как «Миха», «Гриша»). Таким образом, предок носителя фамилии — человек, которого в деревне знали под прозвищем Лабука, и его дети стали Лабукиными. Сословно это, скорее всего, крестьяне или однодворцы. Фамилия не принадлежит к числу дворянских или именитых, а сохранилась в народной среде, что подтверждает её прозвищное, бытовое происхождение.