Фамилия Лагин — редкий случай, когда версия о происхождении от географического названия выглядит убедительнее, чем от личного имени или прозвища. В русской ономастике фамилии на -ин обычно образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я: Иванов, но Ильин, Пушкин. «Лагин» — из того же ряда. Основа «Лага» могла быть прозвищем, но есть серьёзная альтернатива.

Самый вероятный источник — название реки Лаги (Лага). Такие гидронимы встречаются в бассейне Днепра и на северо-западе России. В этом случае фамилия указывает на человека, жившего на берегу Лаги, или выходца оттуда. Модель образования проста: река Лага → житель «с Лаги» → Лагин. Подобным образом возникли фамилии Волгин, Двинин, Иртышов.

Менее распространённая версия связывает фамилию с диалектным словом «лага» — так в некоторых говорах называли болотистое место, низину, иногда — бревно, колоду. Прозвище Лага могли дать человеку, жившему в сырой низине, либо плотнику, работавшему с брёвнами. Но в этом случае фамилия осталась бы в узком регионе бытования говора, а Лагины встречаются по всей России, что говорит в пользу гидронимической версии.

Суффикс -ин типичен для северных и центральных областей России. В южных и западных регионах чаще встречался бы вариант Лагинский или Лагов. Написание фамилии устойчиво: через «а» в первом слоге, ударение обычно на втором слоге — Ла́гин, хотя в некоторых семьях сохраняется ударение на первый слог.

Советский писатель Лазарь Лагин, автор «Старика Хоттабыча», — самый известный носитель фамилии, но его настоящая фамилия была Гинзбург, а Лагин — псевдоним, образованный от имени и фамилии (Лазарь Гинзбург). Это не имеет отношения к происхождению фамилии, но показывает, что звучание «Лагин» воспринималось как органичное, русское.