Фамилия Лагохин происходит от разговорной формы крестильного имени Лонгин. Имя Лонгин имеет латинские корни и переводится как «длинный», «долгий» или «высокий». В быту, особенно в северных и центральных русских говорах, имя Лонгин часто сокращали и переиначивали в Лагоха — по той же модели, что Григорий становился Григохой, а Евдоким — Докохой. У имени Лонгин семь святых покровителей, в их числе преподобный Лонгин Коряжемский (память 23 февраля), преподобный Лонгин Яренгский (16 июля) и мученик Лонгин Мелитинский (20 ноября).

Однако происхождение фамилии не ограничивается одной версией. В народной этимологии основу Лагоха связывают с глаголом «лагодить» — «ладить, делать руками, налаживать». В этом случае прозвище Лагоха давали мастеру, у которого любая работа спорилась, или человеку, умевшему поладить с людьми. Такое прозвище могло закрепиться за ремесленником, плотником или просто хозяином с золотыми руками. Переход прозвища в фамилию произошёл стандартным для русского языка способом: с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Лагохи».

Фамилия Лагохин — редкая, её географический центр тяготеет к северным и волжским областям, где имя Лонгин было более употребительным, чем в южнорусских землях. Встречаются варианты написания с одной «г» — Лахогин, но это скорее искажение при переписи, чем самостоятельная форма. Однокоренные фамилии — Лагошин, Лагуткин, Лонгинов — образованы от тех же корней, но с разными суффиксами.