Фамилия Лапатухин — редкий случай, когда основа прозвища почти наверняка не связана с животным (лапой) или едой (лапшой), а образована от устаревшего диалектного слова «лапатуха». В русских говорах, особенно в северных и сибирских, так называли неуклюжую, нерасторопную женщину или большую, грубую вещь — ту самую «лапу», но с уничижительным оттенком. Суффикс -ух(а) типичен для прозвищ по внешности или характеру (злыдня, толстуха, вертуха), и именно от женского прозвища Лапатуха по модели «чей сын?» возникла фамилия на -ин: Лапатухин, то есть «сын Лапатухи».

Версия о связи с птицей «лапатуха» (так в некоторых областях называли ястреба-тетеревятника из-за его толстых ног) менее вероятна, но не исключена: прозвище мог получить человек, похожий на такую птицу — коренастый, с цепкими руками. Однако в ономастике чаще всего фамилии с суффиксом -ухин выводят из женских прозвищ, а не из названий животных.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северо-западным областям России, встречается в Тверской, Псковской, Вологодской губерниях. Встречается и вариант написания Лапатухин (с одной «п») — он мог возникнуть из-за народной этимологии, сблизившей фамилию с «лапоть» или «лапта», но корень остаётся тем же.

Однокоренные фамилии — Лапатух, Лапатухов, Лапатушка — редки, что делает Лапатухина маркером узкого семейного прозвища, не распространившегося широко. Носители фамилии в XIX веке чаще всего были крестьянами или мещанами, и никакого дворянского следа за ней не числится.