Фамилия Лапцун звучит необычно для русского уха и сразу привлекает внимание своей редкостью. В отличие от типичных «дворянских» фамилий на -ский или крестьянских на -ов, она сохранила архаичный суффикс -ун, который в русской ономастике встречается нечасто. Этот суффикс обычно указывал на носителя яркого, часто физического или поведенческого признака: говорун, бегун, крикун. Применительно к фамилии он означает, что прозвище Лапцун дали человеку за что-то, связанное с лаптями — плетёной обувью из лыка, которую на Руси носили крестьяне вплоть до XX века.

Самая прямая версия происхождения — профессиональная. Лапцуном могли называть мастера, который плёл лапти. В крестьянской среде это было полноценное ремесло: хороший лапотник ценился наравне с кузнецом или плотником, ведь лапти быстро изнашивались, а в больших семьях их требовалось много. Прозвище легко закрепилось за человеком, который «лапти плетёт», и перешло в фамилию. Вторая версия — прозвище по внешности или привычке. Лапцун — тот, кто ходит в лаптях, то есть «лапотник», возможно, бедный крестьянин, который не мог позволить себе сапоги. В говорах слово «лапоть» имело и переносное значение: неотёсанный, простоватый человек. Однако прозвища такого рода чаще давались с оттенком насмешки, и вряд ли стали бы основой для фамилии без веской причины — скорее всего, первичным было именно ремесло.

Фамилия Лапцун — украинская или южнорусская по происхождению. Суффикс -ун характерен для украинской антропонимии (сравните: Грицун, Харкун), а в России он чаще встречается в южных и западных регионах, где было сильно влияние украинского языка. В центральных и северных областях России такую фамилию могли бы «обрусить», добавив окончание -ов, и получился бы Лапцунов. То, что фамилия осталась в форме Лапцун, говорит о том, что её носители либо сохранили прозвище в неизменном виде, либо происходят из семей, которые долго жили на территории современной Украины, Беларуси или приграничных областей.

Социально фамилия Лапцун однозначно крестьянская. В дворянских родословных книгах или среди купечества она не встречается. Это не значит, что её носители были бедны — ремесленники-лапотники могли иметь свой достаток, но сословно они оставались в среде земледельцев и мастеровых. В архивных записях XIX века такая фамилия могла фиксироваться по-разному: Лапцун, Лапцюн, Лапцунь — из-за особенностей местного произношения. Сегодня это редкая фамилия, и встретить её можно преимущественно в южных областях России, а также в восточных регионах Украины.