Фамилия Лапынина образована от имени Лапыня, которое в свою очередь является уменьшительной формой от крестильных имён Евлампий или Харлампий. Оба имени греческого происхождения: Евлампий означает «благосветный», а Харлампий — «светящийся радостью». Такие сокращения на -ыня (Лапыня, Харланя, Евлампа) были распространены в простонародной среде, поэтому основатель рода Лапыниных, скорее всего, был человеком из простого сословия — крестьянином или ремесленником.

Менее правдоподобная версия возводит фамилию к дохристианскому прозвищу Лапка, связанному с ласковыми словами «лапа», «лапушка», «лапонька». В этом случае имя давали как нежное обращение к любимому или милому человеку, но для фамилии такая основа встречается реже, чем производная от церковных имён.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Лапынина — «дочь (или жена) Лапыни», а в более широком смысле — потомок человека по имени Лапыня. Фамилия сохраняет женскую форму, характерную для русских фамилий, и в мужском варианте звучала бы как Лапынин.