Фамилия Лапынин образована от личного имени Лапыня — уменьшительной формы церковных имён Евлампий или Харлампий. Оба имени греческого происхождения: Евлампий означает «благосветный», Харлампий — «светящийся радостью». Такая модель словообразования типична для русских фамилий: к основе, оканчивающейся на гласный или мягкий согласный, добавляли суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Лапынин). То есть Лапынин — потомок человека по имени Лапыня.

Есть и другая версия, менее правдоподобная: основа могла восходить к дохристианскому прозвищу Лапка — ласковому обращению к милому, любимому человеку (от слов «лапа», «лапушка», «лапонька»). Но в этом случае логичнее ожидать фамилию Лапкин, а не Лапынин. Форма Лапыня явно тяготеет к сокращению полного календарного имени: такие усечения (Евлампий → Лампей → Лапыня) встречались в народной среде повсеместно.

Суффикс -ин в фамилии указывает на её древность: такие фамилии активно формировались в XV–XVII веках, преимущественно в северных и центральных русских землях. О точном месте возникновения фамилии Лапынин сейчас говорить сложно: процесс закрепления фамилий был долгим, и носители могли разойтись по разным уездам уже к XVIII веку.

Фамилия Лапынин — редкий пример, когда в основе лежит не очевидное «лапа» или «лапша», а сокращённое церковное имя. Это делает её ценным памятником русской ономастики, в котором переплелись греческая традиция имён и славянская привычка к ласковым и простым бытовым формам.