Фамилия Лауткин — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии. Человек с такой фамилией в большинстве случаев происходит из мест, где говорят на финно-угорских языках, или из регионов русского Севера, куда эти говоры проникли.

Основа фамилии — прозвище или нецерковное имя Лаутка. В русских говорах Карелии и Архангельской области словом «лаутка» называли небольшую лодку-долблёнку, выдолбленную из цельного ствола осины или липы. Человек мог получить такое прозвище за то, что делал эти лодки, перевозил на них грузы или просто был лёгким, «вёртким», как лодчонка. В карельском и вепсском языках есть схожие корни, означающие «мелкий, неглубокий» — возможно, прозвище давали невысокому человеку.

Суффикс -ин указывает на типичную русскую модель образования от основ на -а/-я: Лаутка + ин = Лауткин, то есть «сын Лаутки», «человек из рода Лауткиных». Это патроним, но не от крестильного имени, а от мирского, бытового прозвища. В центральных и южных губерниях России фамилия почти не встречается — её ареал плотно привязан к Олонецкой губернии, Заонежью и смежным территориям современной Карелии.

Существует и менее вероятная версия, связывающая основу с немецкой фамилией Laut — «громкий, звонкий». Но в таком случае в русских документах фамилия писалась бы через «о» (Лоуткин) или имела бы окончание -ов (Лаутов). Форма Лауткин с суффиксом -ин и твёрдое «т» в корне указывают именно на местное, севернорусское происхождение. Скорее всего, предок носителя фамилии был крестьянином или рыбаком, жившим на берегу Онежского озера или одной из северных рек.