Фамилия Ладуткин образована по типичной для русского Севера и центральной России модели: основа плюс суффикс -ин. Вопреки распространённому мнению, -ин присоединяли не только к основам на -а/-я, но и к любым словам, обозначавшим лицо или прозвище. В данном случае основа — Ладутк(а). Это уменьшительно-ласкательная форма от неканонического имени или прозвища Ладута.

Корень здесь — «лад». В древнерусском языке «лад» означало не только согласие и мир, но и супружеский союз, любимого человека. «Ладута» — человек, к которому обращались ласково: «лада», «ладушка». В говорах слово «ладута» фиксировали и в значении «милый, желанный». Прозвище могли дать доброму, покладистому человеку, либо — по ироничной народной традиции — наоборот, сварливому, чтобы «отвести» плохое.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным глаголом «ладутать» (говорить складно, ладить дело). Тогда предок мог быть не столько мягким по характеру, сколько умелым мастером или красноречивым рассказчиком. Однако первая версия, от прозвища по характеру, встречается в ономастических источниках чаще.

Фамилия Ладуткин — патронимическая, то есть отвечает на вопрос «чей сын?» — сын Ладутки. Суффикс -ин указывает на принадлежность, а сама фамилия закрепилась на стыке XVI–XVII веков, когда на Руси активно шёл процесс превращения уличных прозвищ в наследственные родовые имена. Географически фамилия тяготеет к Вологодской, Архангельской и Костромской областям — регионам, где сохранялись архаичные формы личных имён и прозвищ.

Сословного барьера у фамилии не было: Ладуткины встречались и среди крестьян, и среди посадских людей. В писцовых книгах XVII века можно найти упоминания крестьян Ладуткиных в Заонежье и на Двине.