Фамилия Лебеденков — одна из тех русских фамилий, в основе которой лежит не христианское имя, а прозвище, данное по названию птицы. В Древней Руси именование Лебедь было достаточно распространённым. Славяне, жившие по законам природы и ощущавшие себя её частью, давая ребёнку такое имя, словно поручали его покровительству природных сил. Считалось, что к малышу перейдут лучшие качества избранного животного или птицы: в случае с лебедем — красота, верность, благородство и сила.

Сама фамилия образовалась не напрямую от слова «лебедь», а от его производной формы. В основе лежит имя Лебеденко — уменьшительное или «молодёжное» прозвище, которое можно понять как «маленький Лебедь» или «сын Лебедя». Такая форма с суффиксом -енк- характерна для украинской и южнорусской традиции: на Украине Лебеденко — распространённая фамилия, означающая потомка человека по прозвищу Лебедь. Когда носители этой фамилии переселялись в великорусские земли, фамилию адаптировали под местную модель: к основе Лебеденко добавляли типичный русский суффикс принадлежности -ов. Так появился Лебеденков — буквально «сын Лебеденка», то есть внук (или потомок) того самого Лебедя.

По сути, это «двойная» фамилия, которая запечатлела сразу два языковых пласта: южнорусское или украинское прозвище и северный «офамиливающий» суффикс. В отличие от более прямых фамилий Лебедев или Лебединский, где связь с птицей очевидна сразу, Лебеденков хранит в себе промежуточную ступень — имя Лебеденко, которое когда-то звучало как самостоятельное прозвище, а позже стало основой для новой фамилии.

Фамилия встречается в основном в центральных и южных областях России, а также в Поволжье. Встречаются варианты написания с одной буквой «н» (Лебеденков) — это не ошибка, а отражение того, как фамилию записывали в документах в XIX веке: грамматическая норма тогда была менее строгой, и суффикс -енк- могли передавать как -енк- или -енок-.