Фамилия Лебеденковы — одна из тех русских фамилий, где за основу взяли не крестильное, а мирское имя, данное по законам природы. Предки, жившие в тесной связи с окружающим миром, часто называли детей в честь животных или птиц, чтобы передать ребёнку их качества. Так появилось имя Лебедь — в честь благородной, сильной и верной птицы. Родители верили, что природа примет младенца как своего, а вместе с именем к нему перейдут и лучшие черты избранного представителя животного мира.

Фамилию образовали по распространённой модели: к основе Лебед- добавили суффикс -енк- (уменьшительная или патронимическая форма, характерная для украинских и южнорусских говоров) и фамильный суффикс -ов. Получается, что Лебеденков — это буквально «сын Лебеденка», то есть потомок человека, которого в кругу близких называли ласково «Лебедёнок» или «маленький Лебедь». Такая двойная суффиксация (‑енк‑ + ‑ов) встречается реже, чем просто ‑ов или ‑ев, и указывает на то, что фамилия могла сложиться на территориях, где было сильно влияние малороссийских диалектов, — например, в Курской, Воронежской или Белгородской губерниях.

О точном месте и времени появления фамилии Лебеденковы сейчас говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и документальные записи могли не сохраниться. Однако сама модель образования и редкий суффикс «-енк-» дают понять, что у фамилии не столичное, а скорее южнорусское или украинское происхождение. В отличие от более распространённых «птичьих» фамилий вроде Лебедев или Лебединский, вариант Лебеденков сохранил уменьшительную форму прозвища, что делает его более личным и домашним.