Фамилия Леготин — потомок прозвища Легота. В основе лежит слово «леготь», которое в русских говорах значило «лёгкость» (противоположность весу и тяжести). Прозвище Легота могли дать худому, малорослому человеку — тому, кто «лёгок телом». Это слово встречается в старинной загадке: «На горе горище лежит голенище; в том голенище деготь, леготь, и смерть не далеко (ружье на плече)». Загадка описывает ружьё, и «леготь» там — часть её рифмованного иносказания, но в быту слово закрепилось именно за признаком лёгкости.

Фамилия образована по самой распространённой русской модели: к основе Легот- добавили суффикс принадлежности -ин. Суффикс -ин указывает на родство: «чей?» — Леготин, то есть сын или потомок Леготы. Такая модель типична для фамилий, возникших от прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Если бы прозвище звучало как Леготь (с твёрдым окончанием), фамилия скорее была бы Леготев, но форма Леготин говорит именно о прозвище Легота.

Интересно, что фамилия Леготин не связана с легостью в значении «легкомыслие» или «лень» (хотя в некоторых говорах «легота» означала и льготу, послабление). Семантика прозвища тяготеет к физической характеристике — комплекции, росту. В ономастических трудах (например, в работах Б. Унбегауна) такие прозвища относят к группе «физических признаков»: Худяк, Малыш, Сухота и Легота стоят в одном ряду.

Фамилия редкая, сосредоточена в центральных и южнорусских регионах. Встречается также вариант Леготин с ударением на второй слог — это зависит от местной произносительной традиции. Других версий происхождения, кроме как от прозвища по лёгкости веса, у фамилии нет: ни профессионального, ни географического корня у «леготи» не прослеживается.