Фамилия Лепешонков — один из тех случаев, когда словообразовательная модель говорит о происхождении больше, чем корень. На первый взгляд основа ясна: «лепёшка». Но суффикс «-онков» сразу выдаёт нестандартную историю. В русских фамилиях стандартные патронимические суффиксы — «-ов» и «-ев» (сын Лепешки — Лепешков). Форма «Лепешонков» образована по другой схеме: от прозвища или имени, оканчивающегося на согласный, через суффикс «-онок» (уменьшительно-ласкательный, как «котёнок», «ребёнок»). То есть сначала существовало прозвище Лепешонок — «маленький лепёшник» или «сын Лепешки». А уже от него по правилам русской фамильной модели (чей сын? — Лепешонков) появилась современная форма.

Корень «лепёш-» указывает на прозвище, связанное с едой. В старину лепёшкой называли не только хлебное изделие, но и нечто сплюснутое, приплюснутое — так могли прозвать человека с круглым, плоским лицом или приземистой фигурой. Однако более вероятно, что прозвище Лепешка дали пекарю или торговцу лепёшками. В русских говорах встречалось и слово «лепёшник» — тот, кто печёт или продаёт лепёшки. Таким образом, предок Лепешонковых мог быть ремесленником-хлебопёком, державшим пекарню на городском торгу или в селе.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и центральным областям, где суффикс «-онок» в фамилиях встречается чаще, чем на севере. Встречаются варианты написания: Лепешонков, реже Лепешёнков (с буквой «ё» под ударением). Оба варианта исторически допустимы, так как в документах до реформы орфографии «ё» часто заменяли на «е». В современных базах данных преобладает написание через «е».

Стоит отметить, что фамилия не относится к числу древних дворянских — её носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века Лепешонковы встречаются в Тульской, Рязанской и Калужской губерниях. Это косвенно подтверждает связь с хлебным промыслом: именно в чернозёмных губерниях пекли много лепёшек, а прозвища по роду занятий были особенно устойчивы.