Фамилия Лепесина — женская форма, а мужская, Лепесин, образована по классической русской модели с суффиксом -ин. Этот суффикс в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — сын или потомок человека, которого звали Лепеса. Основа здесь — прозвище или нецерковное имя Лепеса.

Корень слова — «леп-», который в русских говорах имеет два основных значения. Первое связано с лепкой, вязкой, созданием чего-то мягкого: «лепеха», «лепёшка», «лепить». Второе значение, более редкое и диалектное, — «лепота», то есть красота, стать, порядок. В старину «лепый» означало «красивый, хороший». Однако прозвище Лепеса, скорее всего, возникло от первого значения. Лепесой могли назвать человека, который занимался изготовлением лепёшек — хлебного или обрядового печенья, либо того, кто был медлителен, «мягок» в движениях, похож на лепёшку. В некоторых говорах «лепёс» — это ещё и неуклюжий, простоватый человек.

Словообразовательная модель с суффиксом -ин типична для фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я: Лепеса — Лепесин, как Кузьма — Кузьмин, Илья — Ильин. Такие фамилии чаще всего встречались в северных и центральных губерниях России, где был распространён именно этот тип. В отличие от фамилий на -ов/-ев (от основ на твёрдый согласный), фамилии на -ин обычно древнее и восходят к прямым прозвищам, а не к отчествам от крестильных имён.

В ономастических трудах фамилия Лепесин не относится к числу очень частых, но её однокоренные «родственники» — Лепехин, Лепешкин, Лепёшкин — хорошо известны. Лепесин стоит в этом ряду особняком: суффикс -ес- в основе указывает на более архаичную форму прозвища. По сути, предок носителя фамилии был не просто «лепёшкой» (Лепехой), а «лепёсой» — возможно, человеком с характерной внешностью или повадкой, которую подмечали в деревне.

Таким образом, фамилия Лепесина рассказывает о прозвище, данном предку по его занятию или внешнему сходству с лепёшкой — простым, но сытным предметом крестьянского быта. Никакого аристократического или книжного происхождения у неё нет, зато есть прямая связь с повседневной жизнью и говором русской деревни.