Фамилия Лепнинов — редкий случай, когда корень слова не отсылает к ремеслу или внешности, а скорее к месту или свойству. Основа «лепн» восходит к древнерусскому «лепный» — то есть красивый, хороший, пригожий. В этом значении слово жило в языке до XVII века, пока его не вытеснило заимствованное «прекрасный». Человек, которого прозвали Лепня (или Лепной), мог быть просто статным и видным собой — без иронии, а как комплимент.

Модель образования проста: к основе на -н- добавили суффикс -ин-, а затем фамильный суффикс -ов. Получилась форма «чей?» — Лепнинов, то есть сын Лепнина. В русской ономастике это типичная патронимическая схема, но с редкой основой. Родственные фамилии — Лепнин, Лепнов, Лепенев — встречаются в переписных книгах XVII века по северным и центральным уездам, особенно в Вологодской и Костромской губерниях. Лепниновы, вероятно, ответвление этого же гнезда, но с двойным суффиксом, что говорит о более поздней фиксации.

Есть и другая, менее вероятная версия: от слова «лепнина» — архитектурное украшение из гипса. Но она не выдерживает критики: слово «лепнина» вошло в обиход только в XVIII веке, когда фамилии у крестьян уже сформировались. Скорее всего, предок Лепниновых не был штукатуром или скульптором, а получил прозвище за стать или добрый нрав.

Сословно фамилия не привязана к дворянству: в списках однодворцев и крестьян Рязанской и Тамбовской губерний встречаются Лепниновы, но в малом числе. Встречаемость низкая — фамилия не входит даже в первую тысячу по частотности. Носители её, скорее всего, потомки северных или центрально-русских крестьян, чьё прозвище сохранилось в документах XVIII–XIX веков.