Фамилия Лепшин образована от прозвища Лепша. В основе прозвища — гидроним Лепша, название реки в Карелии и Архангельской области, правого притока Моши. Скорее всего, предок Лепшиных жил на берегах этой реки и получил прозвище по месту жительства.

Название реки Лепша, вероятно, происходит от финно-угорского слова «леп», означающего «ольха» или «осина». То есть Лепша — река, по берегам которой росли заросли ольхи или осины. Такая модель образования фамилий по гидрониму характерна для Русского Севера: человек, живший у реки Лепша, становился Лепшей, а его потомки — Лепшиными.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Лепшин, то есть сын или потомок Лепши. Это типичная патронимическая модель для северных и центральных областей России.

Фамилия Лепшин редкая и имеет чёткую географическую привязку к бассейну реки Лепша. Встречается в основном в Архангельской области и Карелии, реже — за пределами этих регионов. Другие возможные версии происхождения (от личного имени Леп или от слова «лепый») маловероятны: у них нет такой прочной топонимической основы, как у гидронима Лепша.