Фамилия Лепшеева образована от прозвища Лепшей, а в нём, скорее всего, не один, а два возможных корня. Первая версия — географическая: на севере, в Архангельской области, есть река Лепша, правый приток Моши. Человека, который жил на её берегу, могли прозвать Лепшей — по названию реки. Вторая версия ведёт к белорусскому слову «лепшы», то есть «лучший». В этом случае Лепшеем называли выдающегося мастера, умельца или просто очень умного человека. Прозвище было лестным и указывало на высокое качество человека.

Суффикс -ев в фамилии — стандартный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность: «чей?» — Лепшеев, то есть сын или потомок Лепшея. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Лепше́ева.

Какая из версий правдоподобнее? Географическая привязка к конкретному гидрониму (названию реки) встречается в русских фамилиях часто, но обычно такие прозвища давали переселенцам — «Лепшей» мог означать «тот, кто с Лепши». Однако и белорусский след не стоит сбрасывать со счетов: фамилии с корнем лепш- (Лепшев, Лепший) встречаются в западных регионах, где слово «лепшы» было в ходу. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» есть упоминания подобных образований от сравнительной степени прилагательных, что делает версию «лучший» вполне состоятельной.

Фамилия довольно редкая. Встречается в основном на севере европейской части России (Архангельская, Вологодская области) и, возможно, в Беларуси. Социальный состав предков мог быть разным: от крестьян-поморов до ремесленников, если исходить из «лучшего мастера». Однозначно определить, какая из двух версий верна для конкретной семьи, можно только по генеалогическому исследованию и месту проживания предков.