Фамилия Лиходий — редкий пример того, как одно и то же слово могло нести прямо противоположный смысл в зависимости от традиции именования. В основе фамилии лежит прозвище, образованное от прилагательного «лихой». В древнерусском языке это слово имело два основных значения: «удалой, смелый, решительный» и «злой, опасный, причиняющий зло». Поэтому прозвище Лиходий могло характеризовать человека либо как отчаянного храбреца, либо как того, от кого ждали беды.

Менее вероятна, но тоже возможна другая версия: перед нами не прозвище по характеру, а охранительное мирское имя. В языческой традиции родители могли назвать сына Лиходием (от слова «лиходей» — злой человек), чтобы отвести от него настоящую злую судьбу. Считалось, что имя-оберег, означающее плохое, защитит ребёнка и сделает его добрым и справедливым. Такая практика была широко распространена у славян: чем хуже имя, тем счастливее жизнь.

Суффикс -ий в фамилии нестандартен. Большинство русских фамилий образуется с помощью суффиксов -ов, -ев, -ин. Форма на -ий (Лиходий) встречается реже и часто указывает на книжное или церковное происхождение, либо на то, что фамилия застыла в форме притяжательного прилагательного. В данном случае фамилия буквально означает «принадлежащий Лиходию» — то есть потомок человека по прозвищу или имени Лиходий.

Фамилия сохранила память о тех временах, когда личное прозвище было главным идентификатором человека. В быту прозвище Лиходий закрепилось за носителем как наиболее употребительное именование, а затем перешло в фамилию, передаваясь из поколения в поколение. Сегодня она представляет собой самобытный памятник славянской культуры, но окончательно говорить о точном месте и времени её возникновения можно только на основании серьёзных генеалогических исследований — процесс формирования фамилий был длительным и не всегда привязан к одной местности.