Фамилия Лихотина образована от нецерковного имени Лихота. В основе лежит диалектное слово «лихота» — «злоба», «недоброжелательство» или «тоска». Такое имя, скорее всего, давали как оберег: родители нарекали сына Лихотой, чтобы отвести от него настоящее зло и горе. Надеялись, что ребенок вырастет счастливым и здоровым, а всё плохое останется лишь в имени.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Лихотин, то есть сын или потомок Лихоты. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ и мирских имён, оканчивающихся на -а или -я. Фамилии на -ин в основном бытовали в северных и центральных областях России, где была распространена такая словообразовательная модель.

Имя Лихота не было редким в старину. В документах встречаются и другие однокоренные фамилии — Лихоткин, Лихотинский. Все они восходят к тому же корню, что и слово «лихой», которое в древнерусском языке имело не только отрицательное значение («злой», «опасный»), но и положительное — «удалой», «смелый». Поэтому не исключено, что в отдельных случаях прозвище Лихота могло означать не «злобу», а «удаль» или «ловкость». Однако охранительная функция имени остается основной и наиболее правдоподобной версией.

Потомок человека по имени Лихота со временем и получил фамилию Лихотина.