Фамилия Лихотин происходит от нецерковного мужского имени Лихота. В старину на Руси было принято давать детям «охранительные» имена — считалось, что негативное значение оттолкнет от ребенка злые силы. Лихота в диалектах означала «злоба», «недоброжелательство» или «тоска». Родители, называя сына Лихотой, как бы обманывали судьбу: желая мальчику счастливой и легкой доли, они давали ему имя с противоположным смыслом — чтобы злые духи не позавидовали и не навредили. Со временем от имени Лихота через патронимический суффикс -ин (указывающий на принадлежность: «чей?» — Лихотин сын) закрепилась фамилия Лихотин.

Суффикс -ин в русских фамилиях традиционно присоединялся к основам, оканчивающимся на -а или -я, что и произошло в данном случае. Модель образования типична для северных и центральных областей России, где такие фамилии встречаются чаще, чем на юге. Интересно, что у фамилии есть однокоренные параллели — Лихота, Лихотников, Лихотский, но Лихотины выделяются именно своим окончанием, которое прямо указывает на имя предка.

О точном месте возникновения фамилии говорить сложно, так как процесс становления фамилий растянулся на несколько столетий. Однако известно, что имя Лихота фиксируется в древнерусских актах и писцовых книгах XV–XVII веков, что позволяет отнести фамилию к числу старых русских родовых прозваний.