Фамилия Лико — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение неочевидно сразу. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, она не имеет типичного суффикса (-ов, -ин, -ский), что указывает на её возможное нерусское или позднее происхождение. Скорее всего, корни фамилии лежат за пределами великорусской традиции.

Первая и самая вероятная версия — украинское или белорусское происхождение. В этих языках существует прозвище Лико, которое могло быть связано со словом «лико» — так в некоторых говорах называли лыко, то есть кору молодой липы, из которой плели лапти. Прозвище Лико мог получить мастер по плетению лаптей или человек, торговавший лыком. Фамилия образовалась путём простой транслитерации прозвища без добавления суффикса, что характерно для украинской и белорусской антропонимии. В этом случае фамилия Лико — прямая наследница ремесленного прозвища.

Вторая версия — польские корни. В польском языке слово «liko» может означать «лицо» или «щёки» (от старого liko, родственного русскому «лико» в значении «лик»). Прозвище могло относиться к человеку с приметной внешностью, например, с румяными или полными щеками. Фамилия Лико могла возникнуть как сокращённая форма от польских фамилий вроде Likowski, Likowicz, которые затем упростились при переходе в русскую среду.

Третья версия, менее распространённая, но возможная — связь с греческим именем Николай через его уменьшительные формы. В некоторых южнославянских и греческих диалектах имя Николас могло сокращаться до Лико. В этом случае фамилия могла появиться у греческих переселенцев или в среде русского духовенства, где греческие имена были в ходу.

Географически фамилия Лико встречается в основном на западе России, в Беларуси и на Украине, а также в южных регионах, где были греческие общины. Сословной привязки нет — носителями могли быть как крестьяне (если прозвище от ремесла), так и мещане или духовенство. Из-за редкости фамилии и отсутствия массовой миграции её носителей, она остаётся локальной и малоизученной, что делает каждую её ветвь уникальной с точки зрения генеалогии.