Фамилия Лимане — редкий случай, когда корень слова не оставляет сомнений в происхождении, а вот суффикс заставляет задуматься. Основа «лиман» — это хорошо известный географический термин. Лиманом называют залив в низовьях реки, часто с солёной или солоноватой водой, образовавшийся из-за затопления речной долины морем. Такое прозвище мог получить человек, живший на берегу лимана, либо выходец из местности с таким названием — например, с Днепровского или Днестровского лимана. Это типичный случай, когда фамилия произошла от места жительства или природного ориентира.

Но главная особенность — окончание «-е». В русской фамильной модели оно почти не встречается. Если бы фамилия была «Лиманов» или «Лиманский», механизм был бы стандартным: суффикс принадлежности или прилагательное. Форма «Лимане» указывает на иное происхождение. Скорее всего, это русифицированная или адаптированная версия молдавской, украинской или болгарской фамилии. В этих языках фамилии на -е (в именительном падеже) встречаются чаще, особенно у носителей, переселившихся в Россию и получивших русское окончание по аналогии. Например, в украинском языке форма «Лимане» может быть местным падежом от «Лиман» (то есть «живущий в Лимане»), который со временем закрепился как фамилия.

Есть и более прозаичная версия: фамилия могла возникнуть из прозвища, данного человеку, который часто бывал на лимане — рыбаку, лодочнику или солевару. В Причерноморье и Приазовье лиманы веками служили центрами рыбного промысла и соледобычи, так что ремесленная привязка здесь не менее вероятна, чем топографическая.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Она не фиксируется в массовых списках российских фамилий XIX века, не упоминается в словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии». Это говорит о том, что Лимане — фамилия локальная, скорее всего южнорусская или украинская, и сохранилась в виде исключения, а не массового явления. В отличие от распространённых фамилий на -ов, она не прошла через стандартную бюрократическую унификацию, что и делает её ценной для историка: в ней виден живой, нешаблонный способ именования по месту или занятию.