Фамилия Липагин — не из тех, что бросаются в глаза при взгляде на список. Её основа — прозвище или мирское имя Липага. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Липагин буквально значит «сын Липаги» или «человек из семьи Липаги». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на «-ага», «-яга»: ср. Рвакин, Шулягин, Бодягин. Это не патроним в строгом смысле, а скорее указание на родство по прозвищу главы семьи.

Сам корень «Лип-» отсылает к дереву липе. Но прозвище Липага могло означать нечто более конкретное, чем просто «человек, похожий на липу». В русских говорах «липагой» могли называть рослого, высокого человека — по ассоциации с высоким деревом. Либо, наоборот, дать такое прозвище могли за мягкость, «липкость» характера, склонность льнуть к людям. Есть и более прозаичная версия: Липага — человек, живший у липовой рощи или занимавшийся промыслом, связанным с липой (драл лыко, делал мочало, резал деревянные поделки). В этом случае фамилия получилась из прозвища по роду занятий.

Географически фамилия Липагин тяготеет к северным и центральным областям России. Встречается в старых переписях Вологодчины, Костромской губернии, а также в Поволжье. Это не массовая фамилия, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, она возникла в одном или нескольких соседних уездах, а потом разошлась с переселенцами.

Спорных версий немного. Соблазнительно связать Липагина с литовским или польским корнем (ср. лит. liepa — «липа»), но суффикс «-ин» — типично русский, а не западнославянский. Если бы фамилия была польской, она скорее звучала бы как Липинский или Липа. Поэтому версия о местном русском происхождении из прозвища — самая правдоподобная.

Итак, предок Липагиных — человек, которого в своей деревне прозвали Липагой. Он мог быть высоким, мягким по характеру или жить промыслом от липы. Фамилия закрепилась за его потомками и дошла до наших дней, сохранив в себе звук деревенского прозвища, которое когда-то дали по меткому наблюдению.