Фамилия Липарин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей — с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Липарин, то есть сын или потомок Липары. Основа здесь — прозвище или нецерковное имя Липара. В русских говорах словом «липара» могли называть липу, а также человека, связанного с липой: либо того, кто жил возле липовой рощи, либо мастера, работавшего с липовой древесиной (например, бондаря или резчика по дереву). Липа — дерево мягкое и податливое, из неё делали ложки, игрушки, долблёную посуду, поэтому прозвище Липара могло закрепиться за ремесленником.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным глаголом «липарить» — делать что-то небрежно, халтурить, или же с украинским «липарити» — льстить. В таком случае прозвище Липара давали нерадивому работнику или, наоборот, льстецу. Однако первая версия — от названия дерева или ремесла — кажется более естественной для русской ономастики, где фамилии от названий растений и профессий встречаются постоянно.

Фамилия редкая, не входит в число распространённых русских фамилий. Встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, что косвенно подтверждает связь с липой — деревом, типичным для средней полосы. Среди носителей фамилии нет широко известных исторических или современных публичных фигур, поэтому её история остаётся локальной, семейной. По сословному происхождению Липарины, скорее всего, относились к крестьянам или мещанам — фамилия не имеет дворянских или священнических суффиксов (-ский, -цкий), а суффикс -ин типичен для «простых» фамилий, образованных от прозвищ.