Фамилия Липатёнков образована от имени Липат — народной, адаптированной формы греческого крестильного имени Ипатий. В переводе с греческого оно означает «высочайший». За этим именем стоит конкретный святой — угодник Божий Ипатий, прозванный Чудотворцем за исцеление недугов и изгнание бесов. Имя было хорошо известно в православной среде, но в быту часто упрощалось: начальное «и» заменяли на «л», как это произошло в парах Ирина — Арина, Илья — Ляля. Так Ипатий превратился в Липата.

Сама форма Липатёнков указывает на географию происхождения. Суффикс -ёнко характерен для украинской и белорусской традиции: в этих землях патронимические фамилии на -енко (Липатенко) были массовым явлением. Когда носитель такой фамилии переселялся в великорусские губернии, суффикс могли обрусить, добавив -ов: Липатенко → Липатёнков. Иными словами, предок Липатёнковых, скорее всего, был выходцем с территории современной Украины или юга Белоруссии, а его фамилию «дооформили» по русскому образцу уже на новом месте.

В основе лежит отчество от имени Липат, то есть «сын Липата». Такие фамилии по отцу (патронимы) были самой распространённой моделью в XIX веке. При этом имя Липат среди крестьян и мещан встречалось нечасто, что делает фамилию сравнительно редкой. Других версий происхождения — от прозвища или названия профессии — нет: корень здесь однозначно личный, крестильный.