Фамилия Липатёнков — один из примеров того, как церковное имя, попав в народную среду, обрастало уменьшительными формами, а затем и фамильными суффиксами. В основе лежит имя Липат — просторечный, адаптированный вариант греческого крестильного имени Ипатий. В переводе с греческого оно означает «высочайший». Святой покровитель этого имени — Ипатий, которого называли Чудотворцем за исцеления и изгнание бесов.

Словообразовательная модель фамилии подсказывает, где искать её корни. Суффикс -ёнков (фонетический вариант -енко) указывает на украинское или белорусское происхождение. На этих территориях фамилии на -енко, -ёнко были массовым явлением, обозначая «сына» или «потомка» человека по имени Липат. В Великороссии ту же роль играл суффикс -ов, поэтому параллельная форма — Липатов — встречается чаще, но именно Липатёнков хранит южнорусский или западнорусский след.

Вероятно, первый носитель фамилии получил прозвище Липатёнок — так называли сына, внука или младшего родственника человека по имени Липат. Со временем прозвище закрепилось за семьёй и перешло в фамилию. Точное время и место возникновения фамилии Липатёнков установить сложно: процесс становления фамилий растянулся на несколько столетий, а письменные источники по крестьянским и мещанским родам часто скудны. Но сама фамилия — живой свидетель того, как книжное греческое имя обживалось в славянской речи, превращаясь из редкого календарного в привычное родовое.