Фамилия Липаткин образована от имени, а не от прозвища или ремесла. В её основе лежит народная форма Липатка, которая восходит к крестильному имени Ипатий (в русском обиходе — Ипат). Ипатий происходит от греческого слова, означающего «высочайший», так что первоначальный смысл фамилии — «сын высочайшего».

Вот тут и кроется первая неочевидная деталь: имя Ипатий было редким даже в среде духовенства, где его давали в честь святого Ипатия Гангрского. В крестьянской и купеческой среде оно встречалось ещё реже, поэтому фамилия Липаткин — не массовая, а штучная. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Липаткин буквально значит «чей?» — «сын Липатки» или «человек из дома Липатки».

По звучанию фамилию легко спутать с производными от слова «липатка» (так в некоторых говорах называли липовую палку или лопату), но здесь работает ономастический закон: если бы основа была нарицательной, мы бы чаще встречали фамилию Липаткин у жителей лесных регионов. На деле же география фамилии тяготеет к центральным и южным губерниям, где имя Ипатий встречалось чаще.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Липатов, Липаткин, Ипатов — показывает, что Липаткин стоит особняком. У него двойной суффикс: сначала уменьшительный -к- (Липат → Липатка), а затем притяжательный -ин. Такая модель типична для фамилий, образованных от обиходных форм имён, которые заканчивались на -ка: Федька → Федькин, Васька → Васькин, Липатка → Липаткин.

Таким образом, предок носителя фамилии Липаткин — человек, которого в быту звали Липаткой. Он мог быть выходцем из духовного сословия (где имя Ипатий было привычным) или из крестьян, получивших имя по святцам. Фамилия сохранила редкую форму имени, которая почти вышла из употребления уже к XIX веку.