Фамилия Липаткина образована от имени Липатка — просторечной, обиходной формы канонического имени Ипатий. Само имя Ипатий восходит к греческому слову со значением «высочайший», но в русской среде оно почти не встречалось в полной форме, зато дало множество уменьшительных вариантов. Липатка — один из таких вариантов, и именно он лёг в основу фамилии. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Липаткин, то есть сын, потомок Липатки. Модель образования типична для русских фамилий, особенно распространённых в крестьянской и рабочей среде, где имя отца или прозвище становилось родовым знаком.

Скорее всего, основатель рода Липаткиных был человеком незнатного происхождения: такие фамилии на -ин редко встречались у дворянства и духовенства, зато массово закреплялись за крестьянами и мещанами после отмены крепостного права. Фамилия фиксируется в документах середины XX века: например, Липаткин Григорий Никитич родился в 1907 году в селе Гавриловское Рязанской области, Липаткин Дмитрий Иванович — в 1895 году в Баку, а Липаткин Ермил Артемович — в 1910 году в селе Абашево Пензенской области. Эти записи подтверждают, что фамилия бытовала в разных регионах — от центральной России до Закавказья, что говорит о миграциях носителей.

Особенность фамилии в том, что её основа не связана с названием дерева (липа), хотя внешне это кажется очевидным. Ошибочное сближение с «липой» — распространённая народная этимология, но ономастика указывает на имя Ипатий. Вариант Липатка мог возникнуть через упрощение: Ипатий → Ипатка → Липатка, с заменой начального гласного под влиянием народного произношения. Подобные переходы не редкость: так, имя Ипатий в некоторых говорах превращалось в Липатий, а затем в Липат. Таким образом, фамилия Липаткина хранит след редкого крестильного имени, почти исчезнувшего из обихода, но оставшегося в родовых прозваниях.