Фамилия Липендина — женская форма, а её основа — мужское мирское имя Липенда. Это имя, в свою очередь, восходит к слову «липень»: в белорусском и украинском языках так называют июль. В старину у славян были широко распространены «календарные» имена, данные по времени рождения ребёнка. Человек, родившийся в разгар лета, мог получить прозвище или мирское имя Липень (или Липенда), а его дети уже становились Липендиными.

Однако есть и другая версия, связанная с ремеслом. Украинское слово «липник» или «липень» в диалектах могло означать лепщика, то есть гончара. В этом случае прозвище Липенда закреплялось за мастером, работавшим с глиной. Оба объяснения возможны, но первое — по названию месяца — встречается чаще и логичнее объясняет модель имени без привязки к профессии.

Фамилия образована по типичной восточнославянской модели с суффиксом -ин(-а): от основы Липенд- (с беглым е) и окончания, указывающего на принадлежность роду. Такая форма характерна для русского Севера и некоторых центральных областей, где фамилии на -ин особенно распространены. Стоит заметить, что в украинской среде эта фамилия могла бы звучать как Липенко или Липенюк, а русский вариант Липендин/Липендина закрепился именно с суффиксом принадлежности.