Фамилия Липцев образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от основы, оканчивающейся на мягкий или шипящий согласный, с помощью суффикса -ев. Это указывает на то, что в основе лежит имя или прозвище Липец. Вопрос лишь в том, что скрывается за этим словом.

Самая прямая версия связывает прозвище Липец с названием дерева — липа. Липой в народе называли не только само дерево, но и липовый цвет, липовый мёд. Человек мог получить прозвище Липец за то, что жил в липовой роще, промышлял сбором липового цвета или торговал липовыми изделиями (например, мочалом или лубом). Поскольку липа была одной из главных хозяйственных пород на Руси, прозвище было естественным и понятным. Тогда Липцев — потомок Липца, то есть «сын Липца».

Однако есть и менее очевидное, но исторически обоснованное объяснение. В южнорусских и украинских говорах «липец» могло означать не только уменьшительное от «липа», но и быть названием сорта яблок (липец, липовка). Кроме того, в некоторых регионах так называли человека с бледным, «липовым» цветом лица. Но главный альтернативный вариант — географический. В России есть несколько населённых пунктов с названием Липцы (например, в Харьковской и Московской губерниях). Житель такого села получал прозвище Липец, а его потомки становились Липцевыми. Таким образом, фамилия могла закрепиться за выходцем из определённой местности.

Словообразовательно фамилия интересна тем, что её основа не «Лип» (от которого пошли бы Липовы), а именно «Липец». Суффикс -ец в прозвищах часто указывал на носителя признака (ср. Молодец, Купец) или на принадлежность к месту (Вологжанин — вологодец). Поэтому, хотя прямое «липовое» происхождение кажется самым простым, именно связь с топонимом Липцы исторически более правдоподобна для многих носителей фамилии, особенно если их предки происходили из центральных или южных областей. Фамилия не слишком редкая, но и не массовая, и её носители встречаются в разных регионах, что подтверждает множественность возможных корней.