Фамилия Лисуков — не самая прозрачная, хотя на первый взгляд кажется понятной. Проще всего предположить в ней корень «лис»: предок мог получить прозвище Лис за хитрость, рыжий цвет волос или внешнее сходство с животным. Но суффикс -уков сбивает с толку. В русских фамилиях чаще встречаются Лисов, Лисин, Лисенков, а -уков — редкий вариант. Он указывает на то, что в основе лежала не просто «лиса», а форма с суффиксом -ук: Лисук. В украинском, белорусском и южнорусских говорах -ук, -юк — типичный уменьшительный или прозвищный суффикс (ср. Ковальчук, Павлюк). То есть Лисук — это «маленький лис» или «сын Лиса». Фамилия Лисуков, таким образом, — это русифицированная форма украинской или белорусской фамилии Лисук: при переселении в великорусские губернии её переоформили с помощью патронимического суффикса -ов, чтобы подогнать под местную модель.

Есть и другая, менее очевидная версия. В некоторых диалектах слово «лисук» фиксировалось как название гриба-лисички (по цвету) или как прозвище человека с жёлтым, бледным лицом. Но это узкорегиональные значения, и вряд ли они породили массовую фамилию. Куда вероятнее, что Лисуков — это «внук Лисука», где Лисук — производное от того же прозвища Лис.

Географически фамилия тяготеет к югу России и пограничью с Украиной: Курская, Белгородская, Воронежская области. Там как раз пересекались ареалы украинской модели на -ук и русской на -ов. Встречаемость невысокая — Лисуковых заметно меньше, чем Лисовых или Лисицыных. Среди носителей нет широко известных исторических фигур, что тоже косвенно подтверждает крестьянское или мещанское происхождение: фамилия возникла в среде, где прозвища давали по приметным чертам, без претензии на родовитость.

Словообразовательный разбор прост: основа Лисук- плюс суффикс -ов. Ударение, скорее всего, на втором слоге — Лису́ков, хотя в некоторых говорах могли тянуть на первый: Ли́суков. Вариант с ударением на «у» — основной и логичный, так как суффикс -ук в исходной фамилии ударный.