Фамилия Лончина — одна из тех, где угадывается необычная основа, но точное значение приходится восстанавливать по косвенным данным. Сама форма фамилии указывает на её происхождение: суффикс -ин говорит, что она образована от личного имени или прозвища, которое заканчивалось на -а или -я. То есть в основе лежит слово «Лонча» или «Лонч».

Самый прямой путь — искать корень в диалектных или профессиональных прозвищах. В южнорусских говорах, а также в украинском и белорусском языках «лонча» или «лонч» — это вариант слова «лонка» (ямка, впадина, ложбина). Такое прозвище могли дать человеку, который жил в низине, у оврага, или, наоборот, тому, кто копал ямы, занимался земляными работами. Вторая версия отталкивается от глагола «лончить» (в некоторых говорах — хныкать, капризничать, ныть). Прозвище Лонча в таком случае могло закрепиться за ворчливым или плаксивым человеком.

Менее вероятна, но возможна связь с польским или западнославянским словом «łonć» (объятие, охват) или с именем Лонгин (от латинского longus — длинный) в его просторечной, сокращённой форме. Однако для фамилии Лончина, распространённой в основном на западе и юго-западе России (Брянская, Смоленская области, приграничье с Беларусью), первая, «географическая» версия выглядит убедительнее: предок носителя фамилии, скорее всего, жил в низине или приметной ложбине.

Интересно, что фамилия Лончина — довольно редкая. Она не входит в списки массовых дворянских или купеческих фамилий, не отмечена в крупных сословных росписях. Это говорит о том, что её носители — преимущественно выходцы из крестьянской или мещанской среды, а сама фамилия закрепилась локально, в одном-двух регионах. По сути, она сохранила в себе не только прозвище, но и примету того места, где жили первые Лончины.