Фамилия Лубнин происходит от названия реки Лубна, протекающей в Липецкой области. На карте есть две реки с таким именем — собственно Лубна и Сухая Лубна. Человек, живший на берегу одной из них, получал прозвище Лубна или Лубнин, а закрепившись в документах, это прозвище превратилось в фамилию.

Название Лубна, в свою очередь, образовано от нарицательного «луб» — кора липы, вяза и некоторых других лиственных деревьев вместе с волокнистой внутренней частью. Из луба крестьяне делали тес, мочало и лыко — простой, но незаменимый материал для хозяйства. Так что в основе фамилии лежит не личное имя, а географический объект, связанный с народным промыслом.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Лубнин буквально значит «сын или потомок человека с берегов Лубны». Такая модель образования типична для русских фамилий, возникших от названий рек и местностей. Фамилия редкая и локальная: её носители почти наверняка ведут род из тех же мест, где протекает река Лубна.

Если искать однокоренные фамилии, то Лубнин стоит в одном ряду с Лубенцовым, Лубенским и просто Лубниным — все они так или иначе восходят к тому же корню «луб», но с разными суффиксами и географической привязкой.